当前癌症的诊疗正进入个性化和精准化的崭新时代，而生物医学大数据的出现为恶性肿瘤的防治及机制探索提供了前所未有的机遇。科技日报记者23日获悉，哈尔滨医科大学生物信息学院院长李霞教授及其团队在肿瘤大数据研究领域取得了一系列新进展，他们全面整合和挖掘了肿瘤生物医学大数据资源，从系统层面深入阐释了不同分子导致肿瘤发生发展的奥秘所在，锁定了新的肿瘤生物标志物，开发打造了新的评估和检测肿瘤治疗反应的大数据平台。其系列论文从今年初到现在，陆续发表于国际著名学术期刊《神经肿瘤学》《肝脏病学》《核酸研究》；相关成果前不久还获得了2019年国家教育部自然科学二等奖。
在多项国家自然科学基金资助下，李霞教授团队利用高通量的新一代测序数据和单核苷酸多态性芯片数据资源，成功鉴别了约600例低阶胶质瘤和胶质瘤母细胞瘤病人的突变克隆状态，在克隆进化水平上解析了性别之间的差异；同时揭示了女性胶质瘤病人携带更高的整体和亚克隆突变负荷，辨识了呈现出克隆性性别差异的著名癌基因，如CDH18基因和ATRX基因，以及胶质瘤的各个亚型、性别间显现出的突变负荷和癌基因的克隆性差异。研究还发现，临床可靶向的基因突变如MAPK信号通路、RTK信号通路突变在性别间存在克隆状态差异，证实了在胶质瘤临床上应考虑性别这一重要因素的必要性，这对胶质瘤的临床用药有一定的指导意义。
在另一项研究中，李霞教授团队与德州大学奥斯汀分校专家合作，在癌症相关RNA结合蛋白领域取得了新突破。该课题通过探讨RNA结合蛋白的遗传改变模式，发现有害的突变倾向发生在RNA结合蛋白的表面。通过构建蛋白-RNA互作网络并对网络进行分析，发现互作RNA结合蛋白间调控原则，并对不同癌症类型的RNA结合蛋白-基因调控网络进行了解析。在对多种癌症中的“探秘”中，合作团队发现了癌细胞选择性的靶向“脆弱性”基因，以扰乱参与癌症功能的蛋白-RNA互相作用。基于受干扰的RNA结合蛋白和靶基因的表达，两国专家识别出了具有不同生存率的三种肝癌亚型，为研究肝癌中体细胞突变扰动蛋白-RNA的调控网络和揭开癌症中基因型与表型关系，提供了有价值的资源及独到见解。
此外，为建立基础研究与临床医学之间的沟通桥梁，早日把学术成果推广到临床应用中，李霞教授团队还开发了多个界面友好、功能强大、适合于科研人员使用的肿瘤生物医学大数据平台与分析软件。他们发表在《核酸研究》杂志上的最新版本Lnc2Cancer v2.0数据库，是全球最大的肿瘤相关长链非编码RNA数据库，目前访问量已接近12000次，并评为高被引论文。这一数据库存储了实验证实的长链非编码RNA与癌症关系的数据资料，包括癌症中循环、耐药性和预后相关的长链非编码RNA，以及肿瘤中受到突变、DNA甲基化和转录因子调控的长链非编码RNA，并对相关癌症根据国际分类标准进行了标准化命名，以方便科技工作者按癌症原发位置和调控机制进行检索和数据下载。
据了解，李霞教授团队在863项目、973项目、科技部重大研究专项和国家自然科学基金等数十项课题的资助下，在癌症相关的非编码RNA科研领域取得了一系列重要成果，连续发表影响因子大于10分的论文30余篇，部分文章被评为高被引论文，得到了《自然综述遗传学》等高影响力刊物的高度评价，研究成果获得了教育部自然科学奖、黑龙江政府科技奖、中华医学科技奖等重要奖励。李霞团队特别重点开发利用了当前丰富的肿瘤生物医学大数据资源；构筑了高效可靠的算法系统预，用来测肿瘤相关非编码RNA标志物，并将其用于肿瘤病人的化疗药物筛选和个体化用药指导上。专家评价指出，上述系列成果从非编码RNA的全新视角，为肿瘤防治和机制研究，提供了肿瘤大数据支持和信息发掘的方法学参考。（消息来源：科技日报）
联系方式：0431-84656876 吉ICP备15006943号-1